Biến chứng thường gặp và gây ảnh hưởng nhiều của bệnh viêm khớp dạng thấp là sự biến dạng khớp và mô xung quanh khớp, từ đó làm mất chức năng khớp. Khớp mất đi chức năng và đau nên ảnh hưởng đến chất lượng sống, khoảng 70% số người bệnh viêm khớp dạng thấp cho rằng bệnh này cản trở các sinh hoạt đời thường. Khoảng 10 năm bị bệnh, có khoảng 10 đến 15% số người bệnh bị tàn phế, không thể tự sinh hoạt mà phải nhờ đến sự trợ giúp của người khác.

Ngoài việc gây biến dạng khớp, bệnh viêm khớp dạng thấp còn gây ra các biến chứng trên các cơ quan khác của cơ thể, bao gồm:

- Bệnh thần kinh ngoại biên thường xảy ra ở bàn chân và bàn tay với dấu hiệu ngứa ran, tê hoặc bỏng rát, phân bố theo lĩnh vực của dây thân kinh bị ảnh hưởng.

- Yếu cơ.

- Thiếu máu do giảm số lượng hồng cầu.

- Viêm củng mạc mắt: Quá trình viêm tác động lên hệ thống mạch máu trong mắt, làm thương tổn củng mạc mắt, làm cho mắt bị đỏ và cảm giác sạn trong mắt.

- Nhiễm trùng: Người bệnh viêm khớp dạng thấp rất dễ bị nhiễm trùng, đặc biệt là khi điều trị bằng các thuốc kháng viêm.

- Bệnh da: Các vấn đề về da rất thường gặp ở người bệnh viêm khớp dạng thấp, thường ở ngón tay và vùng dưới móng. Các thương tổn có thể là mảng hồng ban, loét da, phồng giộp da, khối cứng dưới da hoặc các thương tổn khác.

- Loãng xương: Những phụ nữ sau mãn kinh kèm theo bệnh viêm khớp dạng thấp có tỉ lệ loãng xương cao hơn so với nhóm mãn kinh không bị viêm khớp dạng thấp. Ở đàn ông trên 60 tuổi mắc bệnh viêm khớp dạng thấp cũng có tỉ lệ bị loãng xương cao hơn so với những người cùng lứa tuổi không bị bệnh.

- Bệnh phổi: Những người bệnh viêm khớp dạng thấp rất dễ mắc phải các bệnh phổi mãn tính như xơ mô kẽ phổi, tăng áp phổi… Quá trình điều trị bệnh này cũng có thể gây ra các thương tổn tương tự.

- Thận: Bản thân bệnh viêm khớp dạng thấp ít khi ảnh hưởng lên thận nhưng các thuốc điều trị bệnh viêm khớp dạng thấp có thể gây hại thận.

- Viêm mạch máu là hiện tượng viêm tự miễn bất thường trên rất nhiều mạch máu nhỏ, tác động đến nhiều cơ quan khác nhau. Biểu hiện của viêm mạch máu thường thấy là lở miệng, bệnh dây thần kinh, suy giảm chức năng đột ngột của phổi, viêm động mạch vành tim, viêm các động mạch nuôi ruột non.

- Bệnh tim: Những bệnh nhân viêm khớp dạng thấp có nguy cơ tử vong do bệnh mạch vành cao hơn người bình thường. Các nghiên cứu gần đây đã chứng minh hiện tượng viêm mãn tính kết hợp với viêm khớp dạng thấp là yếu tố làm tăng nguy cơ gây bệnh mạch vành.

- Bệnh lymphoma và các loại ung thư khác. Lymphoma là một loại bệnh ung thư có nguồn gốc huyết học. Người bệnh viêm khớp dạng thấp có nguy cơ bị lymphoma ngoài hạch (non-Hodgkin) cao hơn người bình thường. Quá trình viêm kéo dài của bệnh viêm khớp dạng thấp có thể đóng vai trò quan trọng trong việc hình thành và phát triển lymphoma. Ngoài ra quá trình điều trị viêm khớp dạng thấp cũng có thể là yếu tố gây ra lymphoma.

- Các bệnh cơ hội: Tỉ lệ người bệnh viêm khớp dạng thấp mắc các chứng bệnh cơ hội cao gấp 2 lần so với bình thường. Quá trình viêm mãn tính và sự sai lệch về miễn dịch là nguyên nhân chủ yếu gây nên cả bệnh viêm khớp dạng thấp lẫn các bệnh cơ hội.

Ở những sản phụ bị viêm khớp dạng thấp, nguy cơ sinh non cao hơn và dễ bị tăng huyết áp ở 3 tháng cuối của thai kỳ.

Bệnh viêm khớp trẻ em thường bắt đầu trước khi trưởng thành. Trường hợp bị viêm ở vài khớp sẽ có tiên lượng tốt hơn so với viêm ở nhiều khớp hơn hoặc biểu hiện ở nhiều cơ quan khác nhau. Tình trạng viêm nhiều khớp hoặc viêm nhiều cơ quan khác nhau đôi khi rất phức tạp, một số ít có thể tử vong. 

Hội chứng “kích hoạt thực bào” (Macrophage Activation Syndrome – MAS) là một biến chứng nặng của bệnh viêm khớp trẻ em, thậm chí đe dọa đến tính mạng. Khi có biểu hiện của hội chứng này như sốt liên tục kéo dài, yếu cơ, trì trệ tinh thần hoặc ngủ lịm, bệnh nhi cần được điều trị ngay với các thuốc kháng viêm liều cao.